Paskaidrots: Kāpēc vairākiem cilvēkiem ar Covid simptomiem tests ir negatīvs?

Daudziem cilvēkiem ar Covid-19 simptomiem ir bijuši negatīvi testi. Ir vairāki iespējamie iemesli, piemēram, vīrusa mutācijas, kas ļauj izvairīties no atklāšanas, paraugu ņemšanas un testēšanas kvalitāte un RT-PCR komplektu efektivitāte.

Testi var noiet greizi dažādos posmos, sākot no sliktas paraugu savākšanas un uzglabāšanas līdz nepareizai ekstrakcijai un pastiprināšanai. (Express Foto: Vishal Srivastav)

Tā kā Indija cīnās, lai tiktu galā ar bezprecedenta pieprasījumu pēc RT-PCR testiem, ziņojumi liecina, ka līdz pat 20% simptomātisku Covid-19 pacientu testa rezultāti ir negatīvi.

Šī šķietamā viltus negatīvo rezultātu tendence var liegt nopietnu pacientu hospitalizāciju un kritisko aprūpi, vienlaikus ļaujot asimptomātiskajiem cilvēkiem pārvietoties un izplatīt vīrusu. Šī tendence ir mudinājusi ekspertus, tostarp AIIMS direktoru Dr Randeep Guleria, ieteikt Covid-19 ārstēšanu ikvienam, kam ir klasiski simptomi, neatkarīgi no RT-PCR rezultātiem.

Biļetens| Noklikšķiniet, lai savā iesūtnē iegūtu dienas labākos skaidrojumus

Kāpēc viltus negatīvi

RT-PCR testi, kas tiek uzskatīti par zelta standartu Covid-19 diagnostikā, nav paredzēti kā perfekti. Minimālā jutība (spēja noteikt pozitīvus rezultātus), ko Indijas Medicīnas pētījumu padome (ICMR) pieprasa RT-PCR testa apstiprināšanai, ir 95%. Tas nozīmē, ka ir sagaidāmi līdz 5% kļūdaini negatīvi rezultāti.

Lai gan anekdotiski ziņojumi liecina, ka viltus negatīvu rezultātu īpatsvars Indijā pieaug, pagaidām nav neviena pētījuma, kas to apstiprinātu.

Teorētiski četri plaši faktori nosaka RT-PCR testa precizitāti: vīrusa slodze cilvēkā, paraugu savākšanas un apstrādes kvalitāte, paša testa komplekta efektivitāte un arī testa interpretācijas etalons.

VĪRUŠU LOAD: Parasti Covid-19 adekvāti izpaužas infekcijas cikla piektajā dienā. Pārbaudot ātrāk pēc saskares, inficētā persona var izrādīties Covid-negatīva. Tas var nebūt galvenais faktors, kas nosaka neseno viltus negatīvo tendenci, jo dažiem Covid-19 mutantiem acīmredzami ir agrīni simptomi.

Vairāki simptomātiski pacienti, kuriem RT-PCR testos bija kļūdaini negatīvi, pēc tam tika apstiprināti Covid-pozitīvi bronhoalveolārā skalošanas (BAL) testos, kuros ar bronhoskopa palīdzību tiek savākti paraugi no apakšējiem elpceļiem. Tas ir novedis pie pieņēmumiem, ka daži mutanti apiet augšējos elpceļus, lai mērķētu uz plaušām — scenārijs, kas var liegt RT-PCR testu, pamatojoties uz paraugu, kas savākts no deguna dobuma un rīkles, vīrusu slodzi, kas nepieciešama precīzam rezultātam.

colin mochrie neto vērtība

SPrādziens: Covid testa laboratoriju skaits Indijā pieauga no 14 2020. gada februārī līdz vairāk nekā 2400 2021. gada aprīlī. Tik straujai paplašināšanai bija nepieciešams apstiprināt simtiem laboratoriju RT-PCR testēšanai un steidzīgi apmācīt tūkstošiem tehniķu.

Drošības nolūkos ICMR 2020. gada jūlijā uzskaitīja 30 kvalitātes kontroles laboratorijas, lai pārbaudītu visas tās apstiprinātās Covid laboratorijas. Kopš tā laika ir pievienotas vēl 8 kvalitātes kontroles laboratorijas. Tomēr avoti vairākās laboratorijās trijos štatos norādīja, ka ir veiktas tikai dažas iekārtu un instrumentu pārbaudes.

Ideālā gadījumā pozitīvo un negatīvo paraugu sajaukums būtu periodiski nejauši jāpaņem no katras laboratorijas atkārtotai pārbaudei. Vai tas kādreiz tika darīts? Jā. Vai tas tika darīts konsekventi? Nē, teica zinātnieks no ICMR institūta, kuram nav tiesību runāt ar plašsaziņas līdzekļiem.

Kopš 2020. gada jūlija ICMR un vairākas kvalitātes kontroles laboratorijas klusēja, lai iegūtu periodiskas laboratorijas uzraudzības un kvalitātes atbilstības datus.

CILVĒKA ELEMENTS: Testi var noiet greizi dažādos posmos — no sliktas paraugu savākšanas un uzglabāšanas līdz nepareizai ekstrakcijai un pastiprināšanai. Visos RT-PCR komplektos ir iekļauta iekšējā kontrole (IC), kas aizsargā pret scenāriju, kad RNS netiek ekstrahēta/pastiprināta, kā rezultātā tiek iegūts viltus negatīvs rezultāts. IC var būt eksogēns vai endogēns. Tas ir eksogēns, ja katram paraugam pirms RNS ekstrakcijas pievieno mākslīgo RNS šablona molekulu. Testu uzskata par nederīgu, ja pēc ekstrakcijas sintētiskā RNS netiek atklāta un tiek nozīmēta atkārtota pārbaude. Un endogēnā kontrolē tiek izmantots paraugā esošais cilvēka “mājturības” gēns; tā nenoteikšana pēc RNS ekstrakcijas procedūras padara testu nederīgu.

Cilvēka mājas uzturēšanas gēns nodrošina arī parauga kvalitāti… Taču vairāk nekā 75% RT-PCR komplektu Indijas tirgū izmanto lētākas eksogēnas iekšējās kontroles, sacīja Mumbajā dzīvojošs molekulārais biologs.

ICMR 2020. gada aprīļa SOP par RT-PCR noteica, ka ekstrakcijas eksogēnu kontroli var ignorēt, jo tā neatspoguļos savāktā parauga kvalitāti. Tā ieteica atsevišķu RNāzi P vai jebkuru citu cilvēka mājturības gēnu… vajadzētu palaist paralēli atsevišķā mēģenē… (lai) pārbaudītu gan savāktā parauga kvalitāti, gan ekstrakcijas procedūru.

2020. gada maijā ICMR/HLL izsludinātajā lielajā konkursā par RT-PCR komplektiem tika noteiktas līdzīgas prasības. Vairāki ražotāji apgalvoja, ka dažādi uzņēmumi izmanto dažādas iekšējās kontroles, tostarp eksogēnas, kuras ir apstiprinājušas regulatīvās aģentūras, piemēram, FDA un CEIVD, un ka nelabvēlīga atlase, kuras pamatā ir mājas uzturēšanas gēni, atturētu godīgu konkurenci. Galu galā konkurss tika pārskatīts, iekļaujot gan endogēnās, gan ārējās iekšējās kontroles iespējas.

VĪRUŠU MUTĀCIJA: RTR-PCR tests ir vērsts uz noteiktu viena vai vairāku vīrusa gēnu apgabalu/-iem, lai noteiktu tā klātbūtni. Tests var sniegt kļūdaini negatīvus rezultātus, ja novērtētajā genoma segmentā notiek mutācija. Testus, kuros izmanto vairākus ģenētiskus mērķus, piemēram, Indijā izmantotos, ir mazāka iespēja, ka mutācijas apmānīs.

Džordža Harisona tīrā vērtība

Regulatori, piemēram, ASV FDA, regulāri uzrauga mutāciju ietekmi uz RT-PCR testiem. Lai gan tādi eksperti kā Dr. Rakešs Mišra, Haidarabadas Šūnu un molekulārās bioloģijas centra (CCMB) direktors, uzskata, ka ICMR vajadzētu uzsākt līdzīgu uzdevumu, tas var nebūt viegli pārraudzīt reāllaika vairāk nekā 200 RT-PCR komplektus, kas apstiprināti Indijā pret jaunām mutācijām.

Pirmkārt, neviens ražotājs nav (vai nevēlēsies) publiskot detalizētās secības, uz kurām attiecas tā testi. Iesniedzot ICMR apstiprināšanai, viņi min tikai mērķa gēnus, nevis primeru secību, sacīja Veselības ministrijas vecākais pētnieks.

Tomēr līdz šim ir pamats justies diezgan pārliecinātam pat tad, ja nav veikta reāllaika efektivitātes pārbaude. Līdz šim Covid-19 variantiem galvenokārt ir S gēna (smailes proteīna) mutācijas. Lielākajā daļā komplektu šeit tiek izmantoti konservēti (nemainīti) mērķu reģioni, sacīja Dr Shanta Dutta, Kolkatas Nacionālā holēras un zarnu slimību institūta (NICED) direktors.

Cenu sabrukums

Viena gada laikā RT-PCR komplekta cena samazinājās no vairāk nekā 1100 Rs līdz mazāk nekā 40 Rs. Kopš atbrīvojuma no ievedmuitas nodokļa atcelšanas 2020. gada oktobrī lielākā daļa ārvalstu zīmolu pameta Indijas tirgu papildu 15 % izmaksu sloga dēļ. Arī vairāki Indijas zīmoli ir atteikušies pārdot zem 100 Rs. Daudzi ir atraduši īpašu korporatīvo klientu loku, kas neiebilst pie maksāt nedaudz papildus, lai nodrošinātu kvalitāti. Daži pat piedāvā vairākus PCR komplektus dažādos cenu līmeņos.

Lai gan neviens to nesaka ierakstā, daudzi apšauba lētākas konkurences kvalitāti. Pretskats ir tāds, ka katrs tirgū pieejamais testa komplekts atbilst ICMR validācijas kritērijiem un ka jebkurš cenu karš galu galā dod labumu patērētājam.

Tomēr ne visi ir pārliecināti. Attiecīgais laboratorijas testa izmaksu samazinājums ir no Rs 4500 līdz Rs 800. Turklāt, vai cilvēks, kurš apmeklē viņas vietējo laboratoriju, lai veiktu Covid testu, zina, kurš komplekts tiek izmantots? Cik laboratoriju iztērēs 100 Rs, ja varēs izmantot komplektu 40 Rs? teica viens no pirmajiem Indijas Covid PCR komplektu ražotājiem.

PIEVIENOJIES TAGAD :Kanāls Express Explained Telegram

The Ct vērtība

RT-PCR tests pastiprina no parauga ekstrahēto nukleīnskābi, lai noteiktu Covid-19 vīrusam raksturīgo nukleīnskābi. Pastiprināšana notiek ciklos ar sliekšņa (Ct) vērtību. Skaidrs, ka jo augstāka ir vīrusa klātbūtne/slodze, jo zemāka ir Ct vērtība vai amplifikācijas ciklu skaits, kas nepieciešams, lai tas būtu nosakāms.

ICMR iestatīja Ct vērtību 35 negatīviem rezultātiem. Turklāt visas iespējamās vīrusa pēdas tiek uzskatītas par nenozīmīgām, un paraugs tiek uzskatīts par Covid negatīvu.

Taču daži štati, piemēram, Maharaštra, centās pagarināt pieļaujamības robežu, ierosinot Ct vērtību 24. Tā kā tas potenciāli izslēgtu lielu skaitu cilvēku ar kvantitatīvi zemāku, bet klīniski nozīmīgu vīrusu slodzi, ICMR atkārtoja savu nostāju attiecībā uz Ct vērtību 35. .

Tomēr ir maz skaidrības, ja visi štati ievēro vienu un to pašu Ct etalonu. Saskaņā ar vismaz divu vairāku valstu laboratoriju tīklu augstākā līmeņa vadītājiem viņi ir saņēmuši pretrunīgus un dažkārt nepamatotus mutiskus norādījumus par šādiem testa parametriem. Pat molekulārais tests nav imūna pret subjektīvu neobjektivitāti.

Dalieties Ar Draugiem: